La primera sede del Colegio San Agustín fue el antiguo colegio La Salle en el barrio de San Felipe. Los Hermanos Cristianos de la Salle, que se acaban de mudar al nuevo colegio del Cangrejo, les ofrecieron en venta a sus capellanes, los agustinos recoletos de San José, el edificio del antiguo colegio La Salle y pronto se llegó a un acuerdo de compra. La comunidad agustino recoleta estaba formada por los Padres Sebastián López de Murga, Ángel Marcos, Alfonso Oficialdegui, Rogelio Barásoain, Andrés San Martín, Jesús Sanzol. El P. Andrés San Martín, superior de la comunidad, firmaba el 16 de diciembre del 53 la escritura de compra del antiguo colegio La Salle. Con la Resolución No. 19 del 4 de febrero de 1954, firmada por el Presidente de la República, José A. Remón Cantera y del Ministro de Educación Víctor C. Urrutia, se inició la carrera de preparativos para la apertura del nuevo colegio. El 3 de mayo el colegio San Agustín iba a presentarse ante la sociedad panameña para iniciar sus labores académicas con una matrícula de 204 alumnos.

La inauguración oficial tendría lugar el 7 de mayo con una Eucaristía presidida por el P. Estanislao Zabala, Prior Provincial, en la capilla-salón de actos, a la que asistió el Excmo. Señor Arzobispo Mons. Francisco Beckmann, que hizo la bendición del colegio y la consagración al Sagrado Corazón de Jesús. En el salón de actos-capilla, estaban presentes el Ministro de Educación y demás personalidades invitadas, representantes de otros colegios, alumnos matriculados y sus familiares, los religiosos de San José y David y la nueva comunidad del colegio, formada por los Padres Rogelio Barásoain, Licinio Zudaire, Rafael Suso, Mariano Valls y Benjamín Ayechu, esta apertura había sido largamente esperada y soñada por la comunidad. Después de la Misa hicieron uso de la palabra el Lic. Víctor C. Urrutia, Ministro de Educación y el Dr. Víctor Florencio Goitía, en representación del Instituto Panameño de Cultura Hispánica.

El P. Rogelio, primer Rector del Colegio, declaró abierto el año escolar con un discurso elocuente. Y con la izada de la bandera por dos niños pequeños, a los acordes del Himno Nacional, se declaró inaugurado oficialmente el curso y el nuevo colegio. Era el 7 de mayo de 1954. Hace ahora 50 años. En ese edificio está ubicado el famoso Salón Bolívar donde se celebró el primer congreso anfictiónico. En julio de 1956 se reunieron en Panamá 18 Presidentes de América en el Salón Bolívar y representantes de los países de Organización de Estados Americanos, con el objetivo de participar en el segundo congreso bolivariano. Nuestra presencia en esa sede fue relativamente breve. El Gobierno Nacional, por medio del Ministerio de Educación en 1958 propuso la compra del local por necesidades de instalaciones escolares para sus alumnos de bachillerato. En enero de 1959 la Asamblea Nacional aprobó la compra del edificio y entregó un terreno en Paitilla, como parte del pago de aquel histórico edificio, convertido hoy en sede de la Cancillería. La presencia de los Agustinos Recoletos en aquella primera sede de la Plaza Bolívar se destacó por la pedagogía individualizada y la cercanía a los alumnos y a los padres de familia. Era la mística que impregnaba toda la labor educativa de la comunidad agustiniana, al estilo de Agustín. Eso les ganó la simpatía de la sociedad y fue el mejor reclamo para la incorporación progresiva y continua de nuevos alumnos.

En mayo de 1960, el colegio San Agustín se trasladaba a su segunda sede en Punta Paitilla. Era un 16 de mayo cuando se iniciaban las clases en el nuevo centro. La inauguración y bendición del mismo se hizo el 18 de mayo por el Sr. Nuncio Mons. Luis Púnzolo, en presencia del P. Provincia!, José Arana, y de toda la comunidad del colegio, de los religiosos de San José y Parroquia de Río Abajo, Autoridades del Ministerio de Educación, profesores del colegio, alumnos, padres de familia y numerosos amigos de la comunidad. Así comenzaba una nueva aventura que duró nada más y nada menos que 41 años.

El edificio del colegio San Agustín fue considerado por muchos entendidos uno de los centros mejor planificados y organizados para la enseñanza, perfectamente orientado para resguardar del sol y del agua. Constaba de dos áreas: una el colegio como tal y la otra destinada a residencia de la comunidad religiosa. La amplitud del terreno permitió desarrollar allí con toda plenitud una labor educativa integral: estudio, piedad, recogimiento, deporte y todo lo que requiere una sana pedagogía agustiniana. Allí se organizaron congresos, jornadas pedagógicas, seminarios de religión, posadas navideñas y otras importantes fiestas religiosas. Y las famosas ferias que animaban las celebraciones agustinianas. El deporte escolar e intercolegial sirvió de plataforma para una proyección de la educación agustiniana y de los centros educativos de la iglesia. Allí se construyó también el primer teatro infantil donde se puso de relieve la calidad dramática y lírica de nuestros alumnos. En sus aulas se graduaron 41 promociones, 28 de varones y 13 muchachos y muchachas. Son varios miles los panameños que han recibido su educación en las aulas y pasillos de Paitilla. Todos ellos guardan un recuerdo imborrable y así lloraron la desaparición de su “Alma Mater”.

Desde marzo de 2001, el Colegio San Agustín se ubica en una nueva urbanización modélica: “Costa del Este”, en la parte oriental de Panamá, camino de Tocumen, al pie del Corredor Sur. Con el nuevo siglo el Colegio San Agustín, consciente de los retos y desafíos que nos iban a presentar estos momentos históricos, de cambios en la educación y de nuevas exigencias tecnológicas, decidió cambiar por tercera vez de sede, mirando hacia el futuro. Las instalaciones de Paitilla se habían quedado un tanto obsoletas.

Ya no se daban las condiciones de silencio y tranquilidad que requiere el estudio y la reflexión Espiritual y humana. La Presidente Mireya Moscoso, al inaugurar las nuevas instalaciones el 8 de marzo del 2001, se refirió al centro con estas palabras: “Para dar paso al progreso y al desarrollo urbano se dejó atrás el viejo pero no menos importante de Paitilla, testigo de innumerables episodios en la querida vida estudiantil. Pero a partir de hoy se comienza a escribir una nueva historia, la nueva versión de Costa del Este, que igual, tendrá sus propias cualidades y será el orgullo de los alumnos y maestros que lo disfruten . Estoy seguro de que la comunidad panameña valora y comparte este esfuerzo porque representa una manera especial de hacerse sentir en un Panamá nuevo y mejor”.